茚三酮可以用來監(jiān)測固相肽合成中的脫保護作用（Kaiser測試）。肽鏈通過C端與固相基質連接，利用N端擴展肽鏈，當N脫保護后，茚三酮測試呈藍色。氨基酸殘基是在N端被保護的情況下接入肽鏈的，因此如果下一個氨基酸殘基成功的連接到肽鏈上，茚三酮測試會給出無色或者黃色的結果。

茚三酮也可以用于蛋白質的氨基酸分析。除去酸之外的大多數氨基酸，水解之后可與茚三酮反應。水解中某些氨基酸的側鏈也會被。因此對于那些與茚三酮不反應或者發(fā)生其他反應的氨基酸需要另作分析。其余的氨基酸經過色譜分離后可以比色定量。在分析化學反應的薄層色譜（TLC）中，它可以用于檢測所有的胺類，氨基甲酸酯類，在經過充分熱處理后可以檢測酰胺類物質。當茚三酮與氨基酸反應時可以釋放CO₂。二氧化碳中的碳原子來源于氨基酸的羧基碳。在考古研究中，這個反應用于釋放古老骨骼中羧基碳用于穩(wěn)定同位素分析，以幫助重現古代生物的食物結構。用一種標記底物處理的土壤，隨后利用茚三酮與氨基酸的反應釋放羧基胺，可以證明這種底物是否被吸收進微生物蛋白質。這種方法成功的發(fā)現了一些氨氧化細菌（也叫做利用土壤中的尿素作為碳源 ^[2]  。常用茚三酮溶液分析諸如紙張等多孔表面上的潛指紋。手指所分泌的細微汗液聚集于*的手指紋路表面，也即含有氨基酸的指紋，經過茚三酮處理可以將氨基酸指尖紋路變?yōu)榭梢姷淖仙?/div>